История в «Steins,Gate» разворачивается спустя год после событий «Chaos,Head». Напряженный сюжет игры частью проходит в реалистично воссозданном районе Акахибара, в знаменитом месте шопинга отаку в Токио. Завязка сюжета такова: группа друзей...

Пятиклассник Ко Китамура – сын хозяина спортивного магазина и часто доставляет товар семье Цукисима, что держат по соседству кафе «Клевер» и бейсбольные тренажеры. Семьи партнеров по бизнесу очень близки, потому Ко Китамура и четыре сестры Цукисима...