Первая половина первого сезона была снята полностью по манге (первоисточнику), но дойдя до середины, материала в манге не хватило и во второй половине экранизаторам оставалось лишь одно:
они написали свой собственный оригинальный сюжет и снимали именно по ней. В 2009 году манга накопила достаточно много количество глав, а в след году она даже закончилась, поэтому экранизаторы решили переснять Стальной алхимик, только в этот раз адаптировав всю мангу от корки до корки
Проще говоря ТВ-1 и ТВ-2 полносью отличаются за исключением начальных серий
Смотреть же советую сначала первый сезон в лицензионной озвучке, потом второй в озвучке анидаба