Ну, вообще момент с переходом на линию Врат Штейна - сюжетная дыра. Я так просто не смогу объяснить почему, но думаю, ты размышляешь примерно о том же. Можешь кстати поискать в интернете картинку с диаграммой, на которой нанесены все отрезки времени и все мировые линии из ВШ (а еще там показано, как ВШ связаны с остальными сюжетами этой вселенной типа Chaos;Head и т.д.). Может тебе станет понятнее с её помощью, хотя я только больше запутался.

Так в первом сезоне всё хеппи эндом закончилось, а это Zero продолжение овы 23 серии типа как они боролись, да и зачем смотреть Zero, если понятно что конец уже есть в первом сезоне.

Так же
Сколько в итоге осталось основных линий, 3? Альфа, бэта, и линия Врат Штейна?
Отсюда вытекает другой вопрос
Если на момент отправления за Сузухой и Маюри он находился на бэта линии, то перешёл в альфа линию?
Ну и в итоге, что с ними стало (Кёма, Маю и Сузу) неизвестно?
Кому не сложно, поясните, знал, что важно, но почему то не запоминал показания на счётчике Штейна, и редко запоминал даты, ну и в итоге, немного запутался в линиях