Сначала Томоя помог своим друзьям достичь счастья. Когда он преуспел, огни,
которые дали желания, спустились с неба. Эти огни сформировали девушку и робота другого мира
(Ушио и Томоя). Ушио решает использовать эти огни, чтобы пожелать Томои вернуться в прошлое
и изменить свое будущее, поэтому Томойя решает, знать или не знать Нагису.
И они возвращаются к рождению Нагисы, где Нагиса выживает, это чудо стало возможным
благодаря всем чувствам любви и радости всего города, которые были представлены огнями в
параллельном мире. Как сказала девушка, присоединившись к ним, они создали мощную силу,
которая позволила сделать чудо.

неа не приснилось они мистику добавили в концовку а именно параллельные миры,лично я рад что они так сделали а то совсем было бы все печально.По крайней мере я так понял что он в конце попал в параллельную вселенную в которой развитие жизненного сценария пошло по другому пути.

Я написал в заголовке "Сюжет",вроде понятно,что спойлеры.

Спасибо за спойлеры, хотя я и так знал что она умрет, хоть и не досмотрел Кланнад..