Магический Индекс, в основном про Индекс и Камидзе. Рейлган, про Микото. Еще есть такая же история про Акселератора, но без экранизации. То есть это одна вселенная, только показывают все, с точки зрения разных персонажей (мне так показалась). А пересечений кажется мало (именно в аниме), потому что в рейлгане старались не показывать что-то связанное с "магами".

Вам, когда нибудь, приходилось читать книги? К примеру: "Принцесса Марса" Берроуза. Так вот, у книги есть продолжение, в котором повествуется о событиях проходящих на той-же планете, в то-же и более познее время, с совершенно другими людьми. И как не странно, события и персонажи, в некотором смысле, пересекаются...
Есть много примеров, в художественной литературе, когда вроде-бы разные сюжеты, а персонажи дублируются.
Мой пример может показаться неудачным, но он подходит по смыслу вопроса.

Это понятно, но что было в оригинале? Манги (или ранобе?) 2 разных или одна? В неэкранизированной части били еще арки совместные кроме клонов? Не эпизодические встречи, а именно совместный сюжет?